(一)隔膜和体腔。蚯蚓体内以隔膜来划分体节。蚓体前端因消化器官形态分化及功能的需要，有的体节一隔膜减少，有的则发达增厚。隔膜空间是充满体腔液的体腔。体腔液由隔膜上的孔向前或向后移动，其浓度与颜色因种类不同而异。体腔液内有淋巴细胞、粘细胞、黄细胞及变形细胞等、体腔液为碱性，内有各种溶解状态的物质和结晶体，化学成分较为复杂。体腔液有输送养料及排泄功能。

(二)消化系统。消化系统由口腔、咽头、食道、嗦囊、砂囊、胃、肠等组成。一咽头是口腔后面的一个肉质器官，可吞食料、食物在咽头内进行初步消化分解，形成食物团经食道送入嗦囊及砂囊。砂囊有发达的肉质厚壁，内有坚韧的角质膜，具有磨碎食物的功能，有的蚯蚓食道的两侧有石灰质腺体，用以中和消化道内酸和排除食物中多余的钙。食物经砂囊磨碎进胃肠，再经消化分解后，由肠的盲道段吸收入血管系统，再输送到绷体各器官系统。食物中不能消化的残渣由后肠排除体外，形成蚓类。食物在蚯蚓体肠内停留20小时左右，所以蚯蚓粪中仍有一部分纤维存在。

蚯蚓吞食植物的杂物时一道吞食土壤。曾有人发现，爱胜蚯蚓在正常生长发育中吞食土壤中的原生动物时，把土壤起吞入，因此，在自然界中蚓粪中含有大量泥土。多数环毛蚯蚓、爱胜蚯蚓通常把粪便排至地面，而异唇蚓和一部分环毛绷蚯蚓则把粪便排在洞穴里。蚯蚓粪含有大量的碳素及氮素和腐植质，说明蚯蚓粪含有为植物需要的丰富成分。;蚯蚓在吞食土壤时回避砂粒，特别是粗砂粒，在调节饲料时要注意防止砂粒棍入。

(三)生殖系统。蚯蚓是雌雄同体的卵生动物，体内有雌雄两套生殖系统。雄性生殖系统，有精巢、精巢囊、输精管和雄生殖孔等，雌性生殖系统，有卵巢、卵管漏斗、输卵管与雌生殖孔等。此外，多数蚯蚓还有一至多对受精囊，这是两条蚯蚓交尾时，接受并贮存由另一方输来的精子的地方。因蚯蚓是雌雄同体、异体交配。各种蚯蚓的生殖器官、形态与位置各不相同，这是鉴别绷种的重要特征。蚯蚓体内尚有排泄、循环、神经等系统，体壁肌肉也比较发达。蚯蚓的各器官系统密切联系，完成蚓体的各种生理活动。